El gabinet de seguretat biològica de segon nivell és el mateix que el gabinet de seguretat biològica. El gas també flueix des de l'exterior en el gabinet secundari de seguretat biològica, que sol anomenar-se l'entrada. Inflow evita que els aerosols generats durant les operacions microbiològiques s'escapin des del frontal del gabinet fins al laboratori. No obstant això, es diferencien dels gabinets de bioseguretat primaris en què només es permet que l'aire filtrat per HEPA (estèril) flueixi per sobre de la superfície de treball. Un ventilador integrat dibuixa aire a través de l'obertura frontal al gabinet i cap a la graella frontal. Per tant, l'aire que no ha estat filtrat pel filtre no entrarà directament a l'àrea de treball, protegint així les mostres i els instruments emmagatzemats dins del armari de seguretat que no estan contaminats per l'aire exterior.
Una característica única del gabinet de seguretat biològica secundària és que el filtre es filtra mitjançant filtres HEPA en capes verticals (no direccionals) i es forma un flux d'aire a la baixa dins del gabinet. El flux constant d'aire pot crear infeccions internes a l'aire dins del gabinet, protegint així les mostres emmagatzemades al gabinet des de la infecció. Aquest tipus de flux d'aire s'anomena subsidència.
La principal diferència entre els diferents tipus de gabinets secundaris de seguretat biològica és que la proporció de gasos d'escapament i la proporció de gas recirculat a través de l'aire a alta pressió són diferents. A més, els diferents armaris de seguretat biològics secundaris disposen de diferents mètodes d'escapament: alguns armaris de seguretat filtren l'aire directament a l'habitació i alguns són descarregats a través de la carcassa connectada al conducte de ventilació dedicat oa través del sistema d'escapament de l'edifici. Fora de l'edifici.
A més de les diferències esmentades anteriorment, tots els armaris de seguretat biològics secundaris, com ara els armaris biològics de seguretat Tier 1, poden protegir els operaris i els entorns de laboratori dels danys. A més, el gabinet de seguretat secundari també protegeix les mostres del producte de la contaminació durant les operacions microbianes. El gabinet secundari de seguretat biològica es pot utilitzar en l'operació del factor biològic en un, dos o tres nivells de seguretat biològica.